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Bestimmung zeigt, ursprünglich die Hauptsache, auch war der zweite Zweck anfangs nur als Nebensache mit dem ersteren verbunden. Nach der anfänglichen Bestimmung nämlich sollte jenes Drittel durch die Physiker an arme Kranke verteilt, ein etwaiger Überschuß von den beiden anderen Drittel aber für medizinische Stipendien im weitesten Sinne (nämlich auch für Chirurgen, Apotheker und Hebammen, und nicht bloß zum Studieren, sondern auch zum Reisen) verwendet werden, sowie für alte, bedürftige Arzte und für Witwen und Waisen von Ärzten. In den Zusätzen jedoch bestimmte Senckenberg den Hauptteil dieses, i k, als für die Gründung und Erhaltung eines Hospitales für hiesige Bürger.
Die Verwaltung beider Stiftungen wurde so angeordnet, daß für das medizinische Institut, das aus 4 Ärzten bestehende städtische Physikat allein, für das Spital aber ebendasselbe in Verbindung mit 4 anderen Frankfurter Bürgern die Administratoren sein sollten. Die Hauptaufsicht übertrug Senckenberg dem jedesmaligen ältesten Nachkommen seines ältesten Bruders. Für den Fall des Aussterbens dieses Zweiges seiner Familie, welcher IPall 1842 eintrat, substituierte er die beiden Dekane der juristischen und medizinischen Fakultät der Universität Gießen. Diesen Stellvertretern sowie dem jedesmaligen Stadtschultheiß, dem ältesten Syndicus und dem Senior des Bürgerkollegs sollte jedes Jahr Rechnung abgelegt werden.
Nachdem er so alles Nötige für den Todesfall vorgesehen hatte, war er rastlos bemüht, seine großartige Schöpfung auch praktisch ins Leben zu rufen. Seine nächste Sorge war auf eine zweckentsprechende Liegenschaft gerichtet, welche er in dem Dr. Harms’schen Besitztum am Eschenheimer Thor gefunden zu haben glaubte.
Am 1. Februar 1766 kaufte er hier diesen Grund und Boden, der damals bis an die alte Radgasse, die Verlängerung des unteren Teiles der Stiftstrasse nach der Bleichstrasse zu, sich erstreckte, für die Summe von 23,000 fl.
Sofort liess er die vorhandenen Gebäude für seine Anstalten und Sammlungen herrichten und das Fehlende hinzubaueu. Er richtete zunächst die Bibliothek, dann ein chemisches Laboratorium, Zimmer für die Sammlungen, ein weiteres für abzuhaltende Vorträge und ein Konferenz-Zimmer für die Physici und Ärzte