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Die Universität Wiirzburg ernannte ihn zum Ehrendoktor, die holländische Societät der Wissenschaften zu Haarlem krönte sein Werk über die fossilen Saurier des Muschelkalks mit der goldenen Preismedaille, obwohl nur (die erste Lieferung vorlag, die geologische Gesellschaft in London verlieh ihm den Wollastonschen Preis, die Wiener, Haarlemer und Münchener Aka- demieen, die Göttinger Societät der Wissenschaften, wählten ihn zum Mitglied, die Leopoldina zum Adjuncten. Nicht weniger als 37 fossile Pflanzen und Thiere sind nach ihm benannt und unter den schneegekrönten Berggipfeln Neuseelands führt einer den Namen ,,Mount Meyer“.
Im Jahre 1860 erhielt er einen Ruf als Professor der Geologie und Paläontologie an die Universität Göttingen. Sein alter Freund Wöhler kam selbst, nachdem Meyer abgelehnt hatte, im Auftrag der hannoverischen Regierung nach Frankfurt, um ihn unter den angenehmsten Bedingungen zur Uebernahme der Professur zu bewegen. Es war vergeblich! Gerade die Unabhängigkeit seiner Stellung besass für Meyer einen hohen Reiz, seine Verehrung für die Wissenschaft, der er die erhabensten Genüsse verdankte, ging so weit, dass er es verschmähte, irgend einen Vortheil aus ihr zu ziehen; er lehnte daher nicht allein einträgliche Professureu ab, sondern verzichtete grundsätzlich auf jedes Honorar für seine literarische Thätigkeit. „Lieber fristete ich meine Existenz durch freiwillige Uebernahme einer amtlichen Stellung im Fache der Administration, die Andern vielleicht ein Gräuel gewesen wäre, mir aber einen erwünschten Gegensatz im Leben bot und es möglich machte, mich dauernd zu beschäftigen.“
Das Jahr 1863 brachte Meyer die Beförderung zum Bundestags-Cassier und damit vermehrte Arbeit und Verantwortlichkeit, dennoch stockte auch jetzt nicht seine literarische Regsamkeit und selbst aus dem sturmbewegten Jahr 1866 sind einige kleinere Schriften von ihm zu verzeichnen.
Die politische Umgestaltung Deutschlands, das Herabsinken des stolzen Frankfurt zu einer Provinzialstadt bewegten Mey er tief und schmerzlich. Er folgte mit seinem Bureau und der Kasse dem fliehenden Bundestag nach Ulm und Augsburg und war Zeuge von dessen allmäligem Absterben. Die Ueber- gabe der geflüchteten Gegenstände an die Liquidations-Commission war die letzte Amtshandlung Meyer’s, nach deren Abschluss er in den wohlverdienten Ruhestand versetzt wurde.